エルサレム回復を目指す本来の十字軍は1249年までで実質的に終わったと考えるべきであろう。1291年には最後の拠点アッコンを失ってエルサレム王国も滅亡し、全てのパレスチナはイスラム勢力下に入った。
ただし、その後も小規模な遠征の事例があり、十字軍の名が冠されているものの（例：1308年のロドス十字軍、1344年のキプロス十字軍、1365年のサヴォイ伯十字軍、1440年ヴァルナ十字軍など）、本来の十字軍とは区別されている。その後、1453年にオスマン帝国の台頭によって東ローマ帝国が滅ぼされると、ローマ教皇ピウス2世は熱心に十字軍を提唱し（1459年・1463年）、応じる国は少なかったが、1464年には教皇自ら十字軍の出発地とされたアンコーナに赴いている。この地で教皇が逝去したため、直ちに遠征は中止された。
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1683年の第二次ウィーン包囲失敗によるオスマン帝国の敗走によってローマ教皇は、オーストリア、ポーランド、ロシア、ヴェネツィアに神聖同盟を持ちかけている。これは十字軍の名で語られていないが、意図するものがあった可能性がある。
現在のエルサレムは、事実上のユダヤ教国であるイスラエルの支配下にある。1947年、国際連合によって東西に分割され、国際管理地域とされた。